1. Pasívne systémy
Wick systems je zďaleka najjednoduchším typom hydroponického systému. Ide o tzv. knotové systémy, kde sa nepoužíva čerpadlo a proces funguje na tzv. kapilárnom efekte. Pre vysvetlenie: knot je jedným koncom ponorený do nádoby so živným roztokom, ktorý sa samovoľne nasáva a prestupuje na druhý koniec knotu, ktorý ústí do kořenového obalu. Vhodný je predovšetkým pre pôdne substráty a pre väčšinu veľmi pomaly rastúcich izbových rastlín či dokonca stromov. Vďaka knotu je totiž udržiavaná stála vlhkosť a zmienené typy rastlín možno v pokoji nechať aj dva-tri týždne bez dozoru a akejkoľvek starostlivosti. Avšak pozor na veľké rastliny alebo tie, ktoré používajú väčšie množstvo vody. Pre tie by knot nemusel dodávať dostačujúce množstvo vlhkosti.
2. Pestovanie na vode
Deep Water Cultivation (DWC) je názov pre klasický systém používaný v botanických laboratóriách. Systém vodných kultúr je najjednoduchší zo všetkých aktívnych hydroponických systémov. Plošina, ktorá vo svojich otvoroch drží perforované kvetináče s rastlinami, je obvykle vyrobená z penového polystyrénu a pláva priamo na hladine živného roztoku. Na dne sa nachádza oxidačný kameň (používaný v akváriách) spojený s malým vzduchovým čerpadlom, ktoré dodává vzduch do vzduchového kameňa. Ten bublinkuje živný roztok a dodává kyslík do koreňov rastlín. Problém u tohto systému môže nastať v situácii, keď dôjde k poruche vzduchového čerpadla.
3. Metóda zaplavenia a odvodenia
Ebb & Flow (Flood and drain) je klasický veľmi jednoduchý a spoľahlivý hydroponický systém, ktorý zavlažuje rastliny v časových intervaloch. Rastliny sú typicky usporiadané v jednotlivých nádobách naplnených pestovateľským médiom podľa vlastného výberu v napúšťacej vani (môžu byť použité nádoby akejkoľvek veľkosti).
Na rozdiel od hlbokej vodnej kultúry, systémy zaplavenia a odvodenia neudržujú korene rastlín trvalo suspendované v roztoku živín. Namiesto toho sa pestovateľský zásobník dočasne zaplavý živným roztokom a potom sa vypúšťa roztok späť do nádrže. Táto akcia sa obvykle vykonáva pomocou ponoreného čerpadla, ktoré je pripojené k časovaču. Akonáhle časovač zapne čerpadlo, živný roztok je načerpaný do pestovateľského zásobníka. Keď časovač vypne čerpadlo, roztok živných látok prúdi späť do nádrže. Činnosť časovača je nastavená v závislosti na veľkosti a druhu rastlín, teplote a vlhkosti okolia a type použitého pestovateľského média.
Tento sposôb závlahy dodáva rastlinám potravu a vlhkosť do koreňových systémov v špecifických dávkach. Keď je napúšťacia vaňa suchá, majú korene šancu absorbovať kyslík, čo zaistí, že sa nerozmoča.
Systém zahŕňa jednoduché čerpadlo, zavlažovaciu hadičku a vypúšťací ventil. Hotový systém sa naplní pestovateľským médiom.
U tohto systému môže nastať problém pri dlhodobých výpadkoch elektrickej energie, kedy môže dôjsť k vyschnutiu koreňov.

4. Kvapkové zavlažovacie systémy
Top drip systems sú pravdepodobne najrozšírenejším typom hydroponického systému na svete. Prevádzka je jednoduchá, časovač ovláda ponorné čerpadlo. Časovač zapne čerpadlo a živný roztok je privádzaný do jednotlivých hadičiek, ktoré zásobujú rastliny individuálne postupným odkvapkávaním živného roztoku. V obnovovacom kvapkovom systéme sa prebytočný roztok živín zhromažďuje späť do zásobníka na opätovné použitie. U systému bez obnovy roztok nie je zhromažďovaný na opätovné použitie.
Obnovovací kvapkový systém využívá oveľa účinnejší živný roztok, pretože prebytočné roztoky sa znovu používajú, což tiež umožňuje použitie lacnejšieho časovača, pretože systém regenerácie nevyžaduje presné ovládanie zavlažovacích cyklov. Naopak neobnovovací systém musí mať presnejší časovač, aby bolo možné upraviť cykly zavlažovania tak, aby sa zabezpečilo, že rastliny obdržia dostatok živného roztoku a aby odtok bol obmedzený na minimum.
Neobnovovací kvapkový systém nevyžaduje takú údržbu, ako je tomu u obnovovacieho systému, pretože prebytočný živný roztok nie je recyklovaný späť do nádrže. Takže pevnosť živín a pH zásobníka sa nebudú meniť. To znamená, že zásobník môže byť doplnený živným roztokom upraveným o pH a potom je možné naň zabudnúť, kým sa nebudete musieť viac miešať. Obnovovací systém môže mať veľké zmeny v hodnotách pH a živín, ktoré potom vyžadujú pravidelnú kontrolu a úpravu.
5. Metóda živnej vrstvy
Nutrient Film Technique (N.F.T.) jedná sa o druh hydroponického systému, na ktorý väčšina ľudí myslí, keď premýšľajú o hydropónii. Živný roztok sa tu privedie ponorným čerpadlom zo zásobníka do pestovateľskej nádoby, kde vytvorí plytký a pomaly tečúci film. Roztok živín preteká cez korene rastlín a potom sa odvedie späť do nádrže.
Jednou z hlavných výhod NFT je dokonalé okysličovanie vďaka tomu, že sa živný roztok rovnomerne rozprestiera po celej ploche pestovateľskej nádoby, pretože sklon nádoby je nastavený na 2-3%. K reakcii medzi živným roztokom a vzduchom tak dochádza na celej ploche. U tejto metódy je perfektné okysličovanie celej vrstvy, a tým pádom rastlín. Inštalácia systému je jednoduchá a možno ho zostaviť takmer z čohokoľvek, čo má pestovateľ po ruke.
6. Aeroponické systémy
Premieňajú živný roztok na hmlu pomocou ultrazvukovej membrány. Vo vzduchu sa tvorí tzv. suchá hmla – kvapôčky majú priemer asi 2,5 mikróna, takže človek ich nie je schopný vnímať ako vlhkosť. V aeroponii prijímajú rastliny vodu a živiny zo vzduchu. Niektoré aeroponické systémy sú špeciálne upravené na indoorové pestovanie.